年末調整をしていれば、医療費控除やふるさと納税も自動的に反映されますか？

いいえ、反映されません。医療費控除やふるさと納税（寄附金控除）は、原則として年末調整の対象外であり、従業員本人が確定申告で手続きする必要があります。ふるさと納税はワンストップ特例を使える場合もありますが、条件を満たさないと無効になるため注意が必要です。

医療費控除は家族分の医療費もまとめて申告できますか？

はい、可能です。医療費控除は、本人だけでなく、生計を一にする配偶者や親族の医療費も対象になります。家族側の所得要件はなく、共働き世帯でも、実際に医療費を支払った人がまとめて控除を受けることができます。

提出は不要ですが、保存は必須です。医療費控除では、確定申告時にレシートや明細書の提出は求められません。ただし、申告後5年間は税務署から提示を求められる可能性があるため、医療機関や人ごとに整理して保管しておく必要があります。

給与収入が2,000万円を超える、寄附先が6団体以上ある、確定申告が必要になった場合などは、ワンストップ特例は無効になります。その場合、寄附金受領証明書を使って自分で確定申告を行わないと、控除が受けられません。

初年度は完結しません。住宅ローン控除は、初年度のみ本人が確定申告を行い、計算明細書や登記簿、契約書などを提出する必要があります。2年目以降は、税務署から届く書類を勤務先に提出すれば、年末調整で対応できます。

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公開日2026/01/13 更新日2026/01/10 ブックマーク数

年が明け、確定申告が始まります。
今回は、会社に勤めながらも確定申告を自分でする必要がある控除に関して、解説します。

金森俊亮公認会計士税理士事務所代表
金森俊亮

大手監査法人で10年、会計監査および会計アドバイザリーを経験後、東京都立川市で独立開業。
いぶき監査法人ではパートナーとして、農協や非営利法人を中心に会計監査・会計アドバイザリーを実施。
研修講師や会計専門誌への寄稿なども行っている。

管理部門の皆さまにとっては、年末調整が始まる時期ですが、年末調整では対応できず、個人が確定申告で行う必要がある控除も少なくありません。

勤務先の社員から確定申告に関する質問を受ける場面も増えるため、その際は本記事の内容を参考に対応してみてください。

項目	医療費控除	ふるさと納税	住宅ローン控除
控除方法	確定申告にて対応。年末調整ではない	確定申告またはワンストップ特例にて対応。年末調整ではない	初年度は確定申告、2年目以降は年末調整で対応可能
対象	本人、配偶者及び生計を一にする親族	本人	本人
確定申告または年末調整の際に提出する書類	医療費控除の明細	寄附金受領証明書寄附金控除に関する証明書 ※電子申告の場合は提出省略可	【確定申告の場合】（特定増改築等）住宅借入金等特別控除額の計算明細書登記事項証明書、売買契約書等【年末調整の場合】給与所得者の住宅借入金等特別控除申告書兼住宅借入金等特別控除計算明細書
ポイント	セルフメディケーション税制と医療費控除はいずれかを選択する。対象は本人だけではない	ワンストップ特例の適用可否を確認。申請は従業員本人が行う	初年度は確定申告が必須。 2年目以降は年末調整で対応可能