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年末調整を怠ると、従業員に追徴課税や還付漏れが発生し、会社への不信感や税務署からの指摘につながる恐れがあります。
そこで本記事では、中小企業の経理・人事担当者向けに、2025年(令和7年)の最新改正ポイントをふまえ、 失敗しないための流れと注意点、さらに業務を効率化するための実践的なポイントまで、年末調整の全体像をわかりやすく解説します。
▼この記事を書いた人
小野木 康男
ゆあ税理士事務所
代表
首都圏を中心に、税務(法人税・消費税・所得税等)に限らず、給与計算・経営・金融・人事など、幅広いご相談をいただいております。 公益法人の支援も得意です。 研修講師も積極的に行っており、会計・税務の正確な知識を広めております。 また、時差出勤・テレワーク・福利厚生等、職員が働きやすい環境を重視し、柔軟な働き方を推進しています。
年末調整とは、会社が従業員に代わって、1年間の所得税を正しく計算し、過不足を調整する手続きのことです。通常、会社は毎月の給与から「源泉徴収」という形で概算の所得税を差し引いて国に納めています。
しかし、この源泉徴収はあくまで概算であり、年間の正確な所得税額とは必ずしも一致しません。例えば、年の途中で扶養家族が増えたり、生命保険に加入したりした場合、本来受けられるはずの控除が源泉徴収額に反映されていません。このズレを年末にまとめて清算されるため、従業員は正しい所得税額で納税を済ませることができます。
雇用主は年末調整による過不足分を従業員から預かる、または立て替えて税務署へ納付します。つまり、雇用主自身に損得が生じるわけではありません。また、従業員一人ひとりが確定申告をする手間を省けるため、税務上の手続きを効率化できるメリットもあります。
年末調整の最大の目的は、源泉徴収した所得税の合計額と、実際に納めるべき年間の所得税額との差額を精算することです。
この還付や追徴は、通常12月支給または翌年1月支給の給与で調整されることが一般的です。
年末調整とよく比較される手続きに確定申告があります。両者の大きな違いは、手続きを行う主体と、その対象者です。
年末調整 | 確定申告 | |
手続きを行う人 | 会社(雇用主) | 納税者本人 |
対象者 | 会社から給与をもらっている給与所得者に限定 | 個人事業主、2か所以上から給与を受け取っている給与所得者、副業の所得がある方、不動産所得がある方など広範囲 |
会社員は基本的に年末調整で納税が完了するため、確定申告は不要です。ただし、年収2,000万円を超える方や、副業収入が20万円を超える方は年末調整の対象外となり、確定申告が必要です。
さらに、住宅ローン控除の初年度や、寄付金控除・医療費控除を受ける場合も、年末調整では対応できないため確定申告(寄付金控除はワンストップ納税)を行う必要があります。
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