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【社労士執筆】退職・入社タイミング別に見る「年末調整のやり直し・再計算」の正しい手順

公開日2025/12/05 更新日2025/12/04 ブックマーク数
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【社労士執筆】退職・入社タイミング別に見る「年末調整のやり直し・再計算」の正しい手順

年末調整は人事・総務部門にとって大きな負担となりますが、年度途中の退職者や入社者がいる場合、対応は複雑になりがちです。
さらに、扶養親族の異動が判明したり年末調整後に誤りが判明した場合、やり直しや再計算が必要となるケースもあります。

本記事では、退職・入社タイミング別に年末調整のやり直し・再計算の手順について解説します。

ミスを防止する方法なども紹介しますので、年末調整の実務に役立ててください。

[ 目次 ]
西岡 秀泰様
執筆者

執筆者

西岡社会保険労務士事務所 代表
西岡 秀泰

西岡社会保険労務士事務所 代表
西岡 秀泰

生命保険会社に25年勤務しFPとして生命保険・損害保険・個人年金保険販売を行う。2017年4月に西岡社会保険労務士事務所を開設し、労務全般について企業サポートを行う。同時に、日本年金機構の年金事務所で相談員を兼務している。

年末調整とやり直し・再計算の基本

最初に、年末調整とやり直し・再計算に関する基本事項と最新の税制改正などについて確認しておきましょう。

年末調整の基本（制度の目的と対象者）

年末調整とは、1年間に支払った給与・賞与から源泉徴収した所得税額と、本来納付すべき所得税額を計算しその差額を精算する手続きです。 毎月の給与から源泉徴収される所得税は概算額であるため、年末調整が必要となります。

年末調整実施後、企業は翌年1月31日までに従業員に源泉徴収票を発行するとともに、税務署や市区町村に報告しなければなりません。

年末調整の対象者は、原則「12月31日現在で在籍している給与所得者」です。ただし、年度途中の退職者についても年末調整の対象となるケースがあります。

企業の義務と誤りがあった場合の対応（法的根拠、確定申告での修正、罰則）

給与支払者である企業には、源泉徴収を行う義務（所得税法第183条）と年末調整を行う義務（同法第190条）が課されています。 さらに、年末調整に誤りがあった場合、企業は所得税額を再計算して年末調整をやり直す義務（同法第198条）を負います。

ただし、誤りについて企業に過失がない場合、従業員自身が確定申告によって修正することも可能です。 しかし、年末調整の誤りを放置した場合、不納付加算税や過少申告加算税が課される可能性もあるため、適切な対応が不可欠です。

やり直し・再計算が必要となる具体的なケース

年末調整のやり直し・再計算が必要となるのは次のケースです。

  • 控除額などの転記ミスがあった、計算ミスがあった
  • 年末調整後に給与の追加支払いがあった
  • 年末調整後に扶養親族等の数が異動した
  • 年末調整後に配偶者（特別）控除や特定親族特別控除の対象者などの所得見積額に変更があった
  • 年末調整後に保険料を支払った
  • （転職者）前職の源泉徴収票に誤りがあった　など

【重要】最新の税制改正と再計算の必要性

年末調整で注意が必要なのは、2025年度の税制改正です。
大きな改正が行われたため、従業員への周知や年末調整システムの再設定などが必要になります。主な改正内容は次の通りです。

  • 基礎控除額：一律48万円→最大95万円（所得132万円以下）
  • 給与所得控除額：最低保障額55万円から65万円
  • 扶養親族等の所得要件：48万円→58万円
  • 「特定親族特別控除」の創設：19歳以上23歳未満の扶養親族に対する控除　など

基礎控除額や給与所得控除額の改正により所得税額の再計算が必要です。
また、扶養親族等の所得要件改正や特定親族特別控除の創設により扶養控除などの対象者が拡大するため、対象者の確認と再計算が必要となります。

税制改正については、国税庁の「令和7年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について」などで確認しましょう。

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