【2025年最新】電子帳簿保存法とは？2024年1月～「電子取引のデータ保存」は完全義務化に！

電子帳簿保存法とは

電子帳簿保存法は、企業が国税関係帳簿や書類を電子データとして保存することを認める法律です。1998年に制定され、デジタル化の進展に伴い改正が繰り返されています。
この法律の目的は、企業の業務効率化とペーパーレス化の促進、税務調査時の透明性向上にあります。特に、近年の改正では、電子取引データの保存義務が強化され、企業は適切なデータ管理が求められています。

電子帳簿保存法の3つの区分

電子帳簿保存法では、3つの保存区分に分かれています。

①電子帳簿等保存
　→ 会計ソフトなどで作成した帳簿や決算書類の電子保存が可能（任意）。

②スキャナ保存
　→ 紙で受領・作成した書類をスキャンして電子保存が可能（任意）。

③電子取引データ保存（2024年改正で義務化）
　→ 電子メールやクラウドで受け取った請求書・領収書などの電子データは、紙に印刷せず電子保存が必須。

企業の経理部門では、特に「電子取引データ保存」の義務化対応が求められています。

2022年電子帳簿保存法改正の振り返り

2022年1月1日施行された電子帳簿保存法改正のポイントを今一度整理しましょう。

●電子帳簿保存法の対象が、所得税と法人税の保存義務者であるすべての企業および個人事業主に拡大されました。
●電子帳簿保存法の対象帳簿・書類は、「国税関係帳簿書類」「国税関係書類」「取引関係書類」の3つに分けられます。
●原則として、電子データで受け取った請求書類は印刷して保管することが許容されなくなりました。
●「優良な電子帳簿に係る過少申告加算税の軽減措置」の対象となる帳簿の範囲が見直されました。
●電子取引での電子データ保存が義務化されました。
●罰則が強化され、違反した場合の罰則が厳しくなりました。

2024年電子帳簿保存法改正のポイント

さらに、2024年の電子帳簿保存法改正により、電子取引のデータ保存が完全義務化されました。従来の「紙への印刷保存」が認められなくなり、電子データのまま保存することが必須となります。
ここでは、直近の改正ポイントを整理し、経理担当者が対応すべきポイントを解説します。

●電子取引のデータ保存が完全義務化（2024年1月～）

【改正前】
・電子取引で受領した請求書・領収書などを、紙に印刷して保存することが認められていた。

【改正後】
・電子取引の書類は電子データのまま保存しなければならない（紙保存は不可）。
・2023年までは宥恕（ゆうじょ）措置があり、紙保存も認められていたが、2024年1月からは完全撤廃。

●保存要件の緩和（要件が簡略化）

【改正前】
・電子データ保存には、「タイムスタンプ付与」または「訂正削除の履歴保存」が求められていた。
・検索機能を備えたシステムで保存する必要があった。

【改正後】
・検索要件が緩和され、フォルダ管理やファイル名管理で対応可能に。
・タイムスタンプの要件も一部緩和（税務調査時に「データの改ざんがない」ことが説明できればOK）。
・事務処理規程（社内ルール）を作成すれば、一定条件のもとで要件緩和が可能。

■経理業務への影響と対応ポイント
・電子保存のためのシステム整備が必須（Excel・フォルダ管理では限界あり）。
・クラウド会計・電子保存ツールの導入が推奨される。
・適切なデータ管理と社内フローの見直しが必要。

電子帳簿保存法の改正は、経理業務に大きな影響を与えます。特に、電子取引のデータ保存は義務化されているため、企業全体での取り組みが必要です。

電子帳簿保存法における保存期間

電子帳簿保存法では、帳簿や書類の種類に応じて、7年間または10年間の保存義務が定められています。

・保存期間の分類

※繰越欠損金（赤字の繰越）がある場合、保存期間は最長10年に延長されるため注意！
※法人税法・所得税法に基づき、税務調査時に提出できるよう適切な保存が求められる。

電子帳簿保存法の対象企業、対象外企業

電子帳簿保存法は、すべての企業や個人事業主に影響を与える法律ですが、電子データの保存義務が適用される企業と、適用外となる企業があります。
電子帳簿保存法の対象企業と対象外企業の一覧は下記のとおりです。

＜対応のポイント＞
・すべての企業・事業者が電子帳簿保存法の対象であることを前提に、対応を進める必要がある。
・電子取引を行っている企業は、必ず電子データのまま保存することが義務化されている。
・特例措置を受けるには、税務署長の承認が必要となるため、事前に確認が必要。

電子帳簿保存法への対応策

電子帳簿保存法の改正により、電子取引データの保存が義務化され、経理部門における書類管理のあり方が大きく変わりました。適切に対応しないと、税務調査時に保存要件を満たさないと判断され、罰則の対象となるリスクがあります。

ここでは、電子帳簿保存法への対応策を具体的に解説します。

1. 電子帳簿保存法対応のための基本ステップ

① 電子取引データの保存ルールを整備する
電子取引（メールやクラウドで受領した請求書・領収書など）は、紙に印刷して保存することが不可となりました。
そのため、電子データのまま適切に保存するためのルールを整備することが重要です。

＜対応ポイント＞
・保存対象となる書類をリスト化（請求書・領収書・契約書・注文書など）
・どのシステムやフォルダに保存するかを明確化（例: クラウドストレージ、社内サーバー）
・データの命名規則やフォルダ構成を決める（取引年月日・取引先・金額を含める）
・データ改ざん防止の措置を講じる（タイムスタンプ、アクセス権限の管理）

② 事務処理規程を作成する
電子帳簿保存法の改正により、事務処理規程を整備することで一部の要件が緩和されます。

＜対応ポイント＞
・電子取引データの保存方法やルールを明文化（例: 「受領後〇日以内に指定フォルダに保存」）
・改ざん防止のための内部統制を明確化（例: 「一定期間経過後は編集不可にする」）
・社内での運用ルールを統一し、税務調査に備える

事務処理規程があると、タイムスタンプの付与要件や検索要件が一部緩和されるため、システム導入なしでも対応しやすくなります。

③ 電子帳簿保存法対応のシステムを導入する
電子帳簿保存法の要件を満たすには、専用のシステムを導入するのが最も確実な対応策です。

＜導入時のチェックポイント＞
・電子帳簿保存法の改ざん防止措置ができるか
・検索機能を備えているか（取引年月日・金額・取引先で検索可能か）
・自社の運用に合っているか（クラウド型 or オンプレミス型）

④ 税務調査時の対応を想定して準備を進める
電子帳簿保存法への対応では、税務調査時に適切にデータを提示できる状態にすることが重要です。

＜対応ポイント＞
・電子データの保存状態を定期的にチェック（保存要件を満たしているか）
・システム障害やデータ消失に備えてバックアップを取る
・税務調査時に必要なデータを迅速に提供できる仕組みを整える

電子保存データの運用状況を定期的に見直し、必要に応じて社内研修を実施することも有効です。

電子帳簿保存システムの導入メリット

電子帳簿保存法の改正により、電子取引データの保存が義務化され、企業はデジタルデータを適切に管理する必要があります。
しかし、手作業での電子データ管理には限界があるため、電子帳簿保存システムの導入が推奨されます。ここでは、電子帳簿保存システムを導入するメリットを紹介します。

①コンプライアンスの強化が図れる
電子帳簿保存法の保存要件を満たすには、適切なシステム管理が必要です。
電子帳簿保存システムを導入することで、改ざん防止や検索機能を備えた適切なデータ管理が可能になります。

②経理業務の効率化が図れる
電子帳簿保存システムを導入することで、手作業での書類管理が不要になり、経理業務を大幅に効率化できます。

③データのセキュリティが強化される
電子帳簿保存システムを活用することで、データの改ざんや紛失リスクを防ぎ、セキュリティを強化できます。

④テレワーク・リモートワークにも対応できる
近年、リモートワークの普及により、経理業務のデジタル化が求められています。
電子帳簿保存システムを導入することで、場所を問わず経理処理が可能になり、柔軟な働き方を実現できます。

⑤税務調査への対応が簡単にできる
電子帳簿保存システムを導入すると、税務調査時に必要なデータを迅速に提示でき、調査対応がスムーズになります。

電子帳簿保存システムの導入デメリット・注意点

①初期費用や運用コストが発生する
クラウド型のシステムであれば月額料金が発生し、オンプレミス型（自社サーバーを利用する方式）であればシステム構築費用やメンテナンス費用が必要です。特に、規模の大きい企業では、社内の全システムとの連携を考慮する必要があり、追加の開発費用がかかることもあります。

②運用フローの変更が必要になる
電子帳簿保存システムを導入することで、これまでの紙ベースの業務フローから電子データ中心の管理へ移行する必要があり、社内のオペレーションを大幅に変更することになります。特に、経理担当者が長年慣れ親しんできた業務プロセスを変更することは、現場の混乱を招く可能性があるため、慎重に対応しましょう。

③法改正への対応が必要である
電子帳簿保存法の改正があった際には、システム導入後も継続的に最新の法令に対応しなければなりません。システムが最新の法規制に対応していないと、適切なデータ保存ができず、税務調査時に指摘を受けるリスクが発生します。
そのため、システム選定の際には、提供元のサポート体制やアップデート頻度を確認し、法改正に対応できるシステムを選ぶことが重要です。

おすすめの電子帳簿保存システム20選

Bill One

出所：Bill One公式サイト

Bill Oneは、Sansan株式会社が提供するインボイス管理サービスです。
郵送やメールといったさまざまな方法・形式で届く請求書をオンラインで一括受領し、素早く正確にデータ化。
請求書をクラウド上で一元管理することで、アナログで非効率な請求書業務をデジタル化します。
インボイス制度や電子帳簿保存法にも対応し、月次決算業務を効率化することで、企業経営における意思決定のスピードを加速します。

TOKIUMインボイス

出所：TOKIUMインボイス公式サイト

「TOKIUMインボイス」は、請求書処理の完全ペーパーレス化を実現する請求書の受領代行・データ化サービスです。
請求書を形式問わずTOKIUMで受け取りを代行、すべて代わりにスキャンするため、取引先が紙文化の企業であっても負担をかけずに、完全ペーパーレス化を実現できます。受け取った紙原本はそのままTOKIUMで保管するため、ファイリング・保管作業も不要です。
提出された請求書はAI-OCRと専任のオペレーターが入力を代行、高精度なデータ化を実現し、申請内容の入力ミスを大幅に削減できます。
また、支払申請・承認・仕訳もオンラインで完結。さらに、仕訳データは加工することなく、そのまま会計ソフトへ取り込むことができます。

楽楽明細

出所：楽楽明細公式サイト

電子請求書発行システム「楽楽明細」は、請求書をはじめ、納品書・支払明細などのあらゆる帳票を電子発行できるクラウドシステムです。発⾏先に応じて「WEB」「メール」「郵送」「FAX」を設定可能。中小～上場企業にまで幅広く選ばれる、契約継続率99%の安心サービスです。

invox電子帳簿保存

出所：invox電子帳簿保存公式サイト

invox電子帳簿保存 – あらゆる国税関係書類と電子取引を自動でデータ化して電子保存する電子帳簿保存法対応のクラウド文書管理システム

invox電子帳簿保存は、電子帳簿保存法の電子取引とスキャナ保存の要件に対応。あらゆる国税関係書類と電子取引情報を検索要件に必要な日付・金額・取引先を自動でデータ化して電子保存する、業界最安水準のクラウド文書管理システムです。

TOKIUM経費精算

出所：tokium経費精算公式サイト

「TOKIUM経費精算」は、たった2ステップで精算が完了する経費精算システムです。領収書をスマホで撮って、あとはポストに投函するだけ。申請者・経理担当者の作業時間を約90.1%削減することができます。電子帳簿保存法にも対応しており、法対応と同時に経費精算のペーパーレス化を実現します。

invox経費精算

出所：invox経費精算公式サイト

invox経費精算は、経費精算の申請や承認、原本提出など紙のやりとりを電子化して、領収書や近場交通費の入力・確認作業を自動化する、業界最安水準のクラウド経費精算システムです。

マネーフォワード クラウドBox

出所：マネーフォワード クラウドBox公式サイト

マネーフォワード クラウドBoxでは、タイムスタンプを⾃動付与してクラウドに保存できます。
取引先・取引日・金額等の検索項⽬を⼊⼒してアップロードするだけで、電子帳簿保存法に対応した状態で保存が可能です。

DATATRUNK

出所：DATATRUNK公式サイト

帳簿や書類などの帳票ファイルを「電子取引」「スキャナ保存」対応形式で保管できる電帳法対応クラウドストレージサービスです。 月間200ファイルまでの保存であれば、タイムスタンプ付で無料で使えます。 画面からのアップロードが可能、またAPIやメールで今お使いのシステムと連携させれば、自動的に適法化された状態で保存できます。

マネーフォワードクラウド経費

出所：マネーフォワードクラウド経費公式サイト

「現場・経理・経営の三方よし」を実現する 経費精算プラットフォーム「マネーフォワード クラウド経費」 生産性向上だけではなく、リモートワーク対応したクラウドサービス。 1.交通費・出張旅費の申請処理から会計ソフトへの仕訳連携まで対応 2.購買申請・住所変更・出張申請など柔軟な電子ワークフロー機能 3.請求書（受領）の電子処理機能も搭載。電子帳簿保存法にも対応

Concur Expense

出所：Concur Expense公式サイト

Concur Expense（コンカーエクスペンス）は、8年連続国内売上No.1※、顧客満足度No1※の経費精算システムです。大企業から中堅・中小、スタートアップ企業まで、全世界のあらゆる企業で使われています。

OPTiM 電子帳簿保存

出所：OPTiM 電子帳簿保存公式サイト

月額9,980円から利用できるAI電子帳簿保存システム。請求書などをアップロードするだけで、AIが取引年月日・取引金額・取引先名を管理台帳に自動登録。電子帳簿保存法・インボイス制度に対応して取引関係書類を安全に一元管理できます。

BConnectionデジタルトレード

出所：BConnectionデジタルトレード公式サイト

電子化を図り出社も不要！システム連携で業務を効率化！

freee経理

出所：freee経理公式サイト

freee経理は、有料ユーザー企業数38万超のクラウド会計ソフト「freee会計」の仕組みはそのままに、財務諸表作成機能を除外して、インボイス制度・改正電子帳簿保存法に対応しやすくしたクラウド型経理システムです。

適格請求書の作成・電子保存ができるだけでなく、経理業務を通じて自動生成されたデータは既存の会計ソフトと連携可能なため、お使いの会計ソフトを変更することなく、インボイス制度・改正電子帳簿保存法への対応を可能にします。

また、債権管理・債務管理だけでなく、資産管理もまとめて効率化、損益や資金繰りを可視化し、経理業務のDX化まで実現します。
期中の乗り換えにも対応しており、専任の導入支援担当が業務フローの見直しから操作方法までサポートします。

スキャニング

出所：スキャニング公式サイト

貴社のオフィスに紙文書が眠っていませんか？ 紙の文書を電子化すれば、データの利活用による業務効率化や、オフィスの省スペース化につながります。 シティコンピュータの電子化サービスは、熟練の専門スタッフがお客様の紙文書を正確且つスピーディに電子化・データ化いたします。

Concur Invoice

出所：Concur Invoice公式サイト

「Conur Invoice」は、大企業から中堅・中小企業・スタートアップ企業まで、あらゆる企業でお使いいただける請求書管理クラウドシステムです。 請求書処理における入力作業の簡略化を実現。請求書管理を効率化し、大幅なコスト削減とガバナンス強化を可能にします。

電子帳簿ダービー

出所：電子帳簿ダービー公式サイト

え？まだ改正電帳法対応できていないの？ 改正電帳法について右も左もわからず焦っているあなた！ とにかく『かんたん』『低コスト』な改正電帳法対応を実現しませんか？ 「電子帳簿ダービー」は、月額8,000円で利用できる改正電帳法対応に特化したソフトです。

MakeLeaps（メイクリープス）

出所：MakeLeaps（メイクリープス）公式サイト

経理業務もテレワーク！クラウド上で見積・納品・請求書などの帳票を誰でも簡単に作成・共有。ワンクリックで郵送代行や入金管理までバックオフィス業務が完結し、請求管理業務の効率化を実現するサービスです。

pasture(パスチャー)

出所：pasture(パスチャー)公式サイト

pasture(パスチャー)は、企業と取引先との契約・発注・依頼・請求・支払いを一元管理するクラウドサービスです。

特に個人事業主やフリーランス、業務委託の方など個人の方との取引に強みがあります。アカウントを取引先に発行する仕組みで、取引先の請求書作成を支援、請求書フォーマットはインボイス制度に対応しています。

2022年8月には、個人のみならず法人の方への発注や請求書回収が可能になる機能もリリース。あらゆる請求書(紙および電子)の回収と保存の効率化が可能になりました。紙の請求書は受領代行およびAI-OCRによるデータ化を支援。オペレーターによる入力も準備中です(2022年9月現在)。

勘定奉行クラウド

出所：勘定奉行クラウド公式サイト

勘定奉行クラウドは、経理担当者はもちろん財務会計の専門家である税理士や会計士にも選ばれているクラウド会計システムです。
クラウドならではの自動化・学習機能により、いつもの業務の流れはそのまま、より生産性が高い業務を実現します。

■抜群の操作性
機能性に優れていることはもちろん、クラウドとは思えない操作性の良さ、スピード感を誇り、作業中のストレスを軽減できます。

■幅広い企業規模に対応
導入後も企業の変化・成長に合わせた最適なシステム構成で使い続けることができます。

■安心・安全のセキュリティ
・世界トップレベルのセキュリティを誇るマイクロソフト社の「Microsoft Azure」を採用
・国際認証SOC1,SOC2報告書を取得済

楽楽精算

出所：楽楽精算公式サイト

★累計導入社数No.1＆電子帳簿保存法対応No.1（※１）で実績も豊富★ 「楽楽精算」は経費精算に関わる全ての業務を社内の誰もが「楽」になるクラウド型の経費精算システム。 電子帳簿保存法対応／ペーパーレス化／領収書のOCR読取／会計ソフト連携など、豊富な機能を搭載。サポート満足度94％（※２）を獲得した充実した運用支援で、経費精算業務の効率化を実現します。 ※１：デロイト トーマツ ミック経済研究所「クラウド型経費精算システム市場の実態と展望」（ミックITリポート2023年9月号：https://mic-r.co.jp/micit/2023/）より ※２：自社調べ

電子帳簿保存法の対応をしないとどうなる？

電子帳簿保存法への対応は、企業にとって単なる法令順守の問題ではなく、業務効率や税務リスクにも影響を及ぼす重要な課題です。2024年1月の改正により、電子取引のデータ保存が完全義務化され、違反した場合のリスクがこれまで以上に高まっています。もし、適切な対応を行わない場合、どのような問題が生じるのかを解説します。

①税務調査で問題が発覚し、ペナルティを受ける
電子帳簿保存法の対応を怠る最大のリスクは、税務調査で違反が指摘され、追徴課税などのペナルティを受ける可能性があることです。特に、2024年1月以降は、電子取引データの電子保存が義務化され、紙に印刷しての保存は認められなくなりました。
もし、税務調査の際に「適切な電子データの保存がされていない」「検索要件を満たしていない」「改ざん防止措置が取られていない」などの違反が発覚した場合、税務当局は保存が不適切であると判断し、その取引に関連する経費や仕入税額控除を認めない可能性があります。

さらに、悪質なケースでは、重加算税や過少申告加算税が適用され、追加の税負担が発生することも考えられます。そのため、税務リスクを回避するためにも、適切な電子帳簿保存の対応が求められます。

②過去の取引データが税務上の証拠として認められなくなる
税務調査の際、適切に保存されていない電子取引データは、「税務上の証拠」として認められなくなる可能性があります。たとえば、請求書や領収書の電子データが適切に管理されていないと、取引の正当性を証明できず、経費として計上した金額が否認される可能性が高まります。
特に、税務署は「帳簿の信頼性」を重視しており、電子帳簿保存法の要件を満たしていない場合、帳簿全体の信用性が低いと判断されるリスクもあります。これにより、企業の申告内容が不正確とみなされ、追加の税負担が発生することも考えられます。

③企業の信用低下や取引先とのトラブルにつながる
電子帳簿保存法に対応していない企業は、取引先や金融機関からの信用を失うリスクがあります。多くの企業がペーパーレス化やデジタル管理を進める中で、電子取引の保存に対応していない企業は、「コンプライアンス意識が低い」「業務のDX化が進んでいない」と評価される可能性があります。
また、取引先から電子請求書の発行・保存を求められた際に、適切な対応ができない場合、ビジネスの継続に支障が出る可能性もあります。特に、大企業や官公庁との取引では、法令順守が重要視されるため、対応していない企業は取引の機会を失うことになりかねません。

④業務負担が増加し、コストがかさむ
電子帳簿保存法に対応しないことで、経理業務の負担が増加し、長期的に見てコストが増えるという問題もあります。
例えば、電子取引データを紙に印刷して保管する場合、印刷コストやファイリングの手間、保管スペースの確保などが必要になります。しかし、法改正により紙保存が認められなくなったため、従来の運用が通用しなくなり、急遽システム導入を迫られるケースも考えられます。

また、税務調査の際に、適切な電子データ保存がされていないと、過去の取引情報を探し出すのに膨大な時間がかかることがあります。これにより、調査対応に余計な時間と人手を割かなければならず、業務の効率が大幅に低下する可能性があります。

現在、電子帳簿保存法に対応していない企業であっても、今後のビジネス環境を考えれば、電子保存への移行は避けられない流れとなっています。すでに、多くの企業がペーパーレス化を推進し、会計・経理業務のデジタル化が進んでいます。
もし、電子帳簿保存法に対応せず、業務を従来のまま続けていた場合、将来的に急な対応を迫られるリスクがあります。特に、税務調査や取引先の要請によって、短期間でシステム導入をしなければならない状況になると、余計なコストがかかるだけでなく、スムーズな運用ができない可能性もあります。
そのため、早めにシステムを導入し、業務フローを整備することで、将来的な負担を軽減し、スムーズな電子保存へ移行していきましょう。

まとめ

電子帳簿保存法は、2024年1月の改正により、電子取引のデータ保存が完全義務化され、PDFやクラウドで受領した請求書・領収書は紙保存が不可となりました。
対応しない場合、税務調査で経費や仕入税額控除が否認されるリスクがあるため、適切な電子保存が求められます。対応策としては、電子帳簿保存法に対応したシステムの導入や事務処理規程の整備が有効です。

今後の法改正にも備え、早めの対策を講じることで、コンプライアンス強化と業務効率化を同時に実現できるでしょう。

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