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年末調整で会社のミスが発覚！過年度分の修正方法と再発防止策

公開日2025/06/02 更新日2025/05/30 ブックマーク数

毎年、会社が行うべき作業のひとつに年末調整があります。
決まったルールに従い作業を行っても、時にはミスが発生する場合もあるでしょう。
安心して従業員に働いてもらうには、ミスのない年末調整が求められます。

本記事では、年末調整でよくある会社のミスや修正方法、再発防止策について解説します。
ミスの発覚や、税務署からの修正通知が届き、お困りの担当者は最後までご覧ください。

目次本記事の内容

年末調整でよくある会社のミス
会社のミスが発覚した場合の年末調整の修正期限
年末調整でミスを防ぐには
まとめ

年末調整でよくある会社のミス

年末調整でよくある会社のミスは、主に以下の3つです。

<年末調整でよくある会社のミス>

扶養関連のミス
控除証明書の確認不足
年末調整の改正内容の適用ミス

順番に確認していきましょう。

扶養関連のミス

年末調整でよくある会社のミスで多いのが扶養関連のミスです。
特に、扶養家族の人数変更や配偶者の収入に関する誤りが多く見られます。
例えば、年内の結婚や出産、離婚により扶養状況が変化したにもかかわらず、適切に反映されていないケースがあります。

扶養関連のミスは従業員の税金額に直接影響を与えかねません。
扶養関連の情報を正確に把握して、12月31日時点の状況を適切に反映しましょう。

控除証明書の確認不足

控除証明書の確認不足もよくある会社のミスです。
生命保険料控除や地震保険料控除などの各種控除には、適切な証明書が必要です。
従業員が控除証明書を紛失したり、提出を忘れたりするケースが後を絶ちません。

また、会社側が提出された証明書の内容を十分に確認せず、控除額を誤って計算してしまうミスも生じます。
従業員の税金還付額に影響を与えたり、後日の修正作業が生じたりするので注意しましょう。

年末調整の改正内容の適用ミス

税制改正により、年末調整の制度は毎年のように変更されます。
年末調整を適切に行うには、改正内容を正確に理解して正しく適用しなければなりません。
例えば、令和3年分の改正では、年末調整書類の押印義務がなくなるといった変更もありました。
令和2年分では給与所得控除の引き下げや基礎控除の見直しなど変更が行われています。

改正内容を正しく反映せずに年末調整を行うと、後日の修正につながりかねないため注意しましょう。

会社のミスが発覚した場合の年末調整の修正期限

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記事提供元

株式会社EPコンサルティングサービス（EPCS）は、給与計算・社会保険業務・人事労務コンサルティング・経理・税務など、バックオフィス全般におけるBPO（ビジネス・プロセス・アウトソーシング）サービスを提供することにより、お客様のコアビジネスの強化を促し、利益の増大に貢献するプロフェッショナルファームです。
2001年の設立以来、外資系企業や上場企業をはじめとする多くのクライアントに対し、複雑かつ高度な業務にもワンストップで対応できる体制を整え専門性と信頼性を兼ね備えた高品質なアウトソーシングサービスを提供しています。
グループ内に社会保険労務士法人EOS、税理士法人EOS、行政書士法人EOSを有しており、労務・税務・法務を一貫して支援できる体制も強みです。
EPコンサルティングサービス　Website：https://www.epcs.co.jp/
社会保険労務士法人EOS　　　 Website：https://eos-sr.jp/