【2025年版】年末調整の担当者必見！基礎情報と作業効率化のためのおすすめツール紹介5選

年末調整は、提出すべき書類の種類が多く従業員ごとに必要な書類が異なるため、手間がかかりやすい業務のひとつです。しかも、年に一度しか行わない作業なので、細かな手順を忘れてしまっていることも多いでしょう。

繁忙期に、年末調整に悩まされる方も少なくないと思いますので、 この記事で年末調整の重要なポイントを押さえて、複雑な作業をもっとスムーズに進めていきましょう！

年末調整とは

年末調整は、主に経理や人事部門が担う年末の大きな業務の一つです。具体的には、給与所得者の1年間の所得税を精算する手続きで、会社が従業員に代わって行う重要な税務手続きを指します。

毎月の給与から源泉徴収される所得税は、年間の概算額を12で割って計算されています。しかし、実際の税額は生命保険料控除や住宅ローン控除など、様々な控除を適用して確定する必要があり、この過不足を精算するのが年末調整の役割です。

会社が年末調整を行うことで、多くの従業員は確定申告を行う必要がなくなります。これは税務署の事務負担軽減にもつながる重要な制度といえます。

年末調整の対象者と必要な手続き3STEP

年末調整の対象となるのは、年末に在籍しているすべての給与所得者です。アルバイトやパートも対象に含まれます。ただし、以下のような場合は年末調整の対象外となり、確定申告が必要となります。

• 給与の年間収入が2,000万円を超える場合
• 災害減免法によって源泉所得税・復興特別所得税の徴収猶予や還付を受けている場合
• 2カ所以上から給与の支払いを受けており、自社以外の勤務先に「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を提出している場合
• 非居住者

実際の年末調整は、以下の3つのステップで進められます。

STEP1：各種申告書の収集

年末調整の最初のステップは、必要書類の収集です。従業員から提出を受ける主な書類には、保険料控除申告書、配偶者控除等申告書、扶養控除等申告書などがあります。また、生命保険料や地震保険料の証明書、住宅ローン控除を受ける場合は住宅ローン控除申告書なども必要となります。

書類の収集を円滑に進めるために、提出期限に余裕を持たせましょう。また、記入例を配布したり、オンラインでの提出環境を整備したりすることで、従業員の負担を軽減し、スムーズな収集が可能となります。

STEP2：年調年税額計算の実施

提出された書類をもとに、実際の税額計算を行います。まず給与所得控除を適用し、次に各種所得控除を反映させます。その後、年税額を計算し、すでに源泉徴収されている税額との差額を確認します。納め過ぎている場合は返還、不足している場合は追加徴収を行います。通常、この精算は年末の給与もしくは賞与で調整されます。

STEP3：法定調書の作成・提出・納付

年調年税額の計算完了後、社員へ源泉徴収票を交付し、税務署、自治体への関係書類の提出（法定調書・支払調書・源泉徴収票・給与支払報告書）を行います。

このように、年末調整は複数のステップを確実に実施する必要があり、特に大企業では膨大な作業量となります。そのため、次項で説明する業務の自動化や効率化を考えることが重要です。

人手不足から脱却！年末調整業務の自動化

年末調整業務は従来、大量の紙の書類を扱う煩雑な作業でした。書類の配布、回収、確認、保管といった一連の作業に多くの時間と人手が必要とされ、特に人手不足が深刻な現代において、大きな業務負担となっています。

しかし、近年のデジタル技術の進歩により、これらの業務の多くを自動化できるようになりました。例えば、従業員がスマートフォンで必要事項を入力すると、自動的にデータが集約され、計算処理まで完了する仕組みが構築されています。さらに、マイナポータルとの連携により、各種控除証明書の収集も電子化が実現されています。

このような自動化により、書類確認の手間、計算ミス、データの手入力、書類の保管スペース確保といった従来の課題を一気に解決できます。また、マイナンバーの取り扱いについても、安全な環境で管理することが可能となります。

業務効率化ツールの導入・選定ポイント

年末調整の業務効率化ツールを選ぶ際は、自社の規模や業務フローに合った最適なものを選択することが重要です。主な選定ポイントとして、以下の項目を挙げます。

• システムの拡張性：会社の成長に応じてスケールアップが可能か
• 既存システムとの親和性：給与計算システムなど、現行のシステムと連携できるか
• セキュリティ対策：個人情報保護のための機能は十分か
• 運用コスト：導入・保守にかかる費用は妥当か
• サポート体制：問題発生時のサポート対応は充実しているか

また、従業員向けの機能も重要な検討ポイントです。スマートフォンでの操作のしやすさや、入力補助機能の充実度なども、スムーズな運用のポイントです。

導入のメリット

年末調整業務の電子化・自動化を導入することで、企業は多くのメリットを得ることができます。

まず最大の効果として、作業時間の大幅な削減が挙げられます。従来、数週間かかっていた業務が数日で完了するケースも少なくありません。また、手作業によるミスが減少することで、修正作業にかかる時間も削減できます。

コスト面では、残業時間の削減による人件費の抑制、書類の印刷・保管コストの削減など、直接的な経費削減効果が期待できます。さらに、業務効率化による人材の有効活用も可能となります。

従業員にとっても、スマートフォンでいつでも手続きができる利便性や、入力ミスを防ぐガイダンス機能による安心感など、多くのメリットがあります。

最新の年末調整業務効率化ツールとサービス5選

現在、市場には様々な年末調整効率化ツールが提供されています。今回はManegyでも人気のサービスをご紹介いたします。

HRBrain労務管理

HRBrain労務管理公式サイト

「HRBrain労務管理」は、入退社手続きや年末調整で発生する人事労務業務をペーパーレス化することで、労務業務につきまとうリスクとコスト削減ができる労務管理システムです。

オフィスステーション年末調整

オフィスステーション年末調整公式サイト

従業員様はスマートフォンやパソコンでログイン、あとは画面に沿って年末調整の情報を入力するだけです。
従業員が入力した年末調整の情報が自動で算出されます。もう申告書を集める必要はありません。

クラウドハウス労務

クラウドハウス労務公式サイト

入退社手続き・年末調整・雇用契約・身上変更などの労務手続きをラクラク自動化・ペーパーレス化できる労務管理システムです。「従業員に定着すること」にこだわった直感的な操作画面・初期設定から運用定着まで各社専任の担当者による伴走フォローが特徴です。

SmartHR

SmartHR公式サイト

SmartHRは人事情報が「集まる・蓄まる・活用できる」クラウド型ソフトウェアです。入社手続きや年末調整などの多様な労務手続きをペーパーレス化し、データとして蓄積。勤怠や給与計算システム等との連携により、様々なデータの一元管理も可能です。さらに蓄積した従業員データを活用できる人材マネジメント機能により、働きたい職場環境の創出に貢献します。

年調ヘルパー

年調ヘルパー公式サイト

年末調整時に配布・回収している各種申告を電子化することで業務の効率化、従業員の利便性、コストの削減が可能なサービスです。 保険料控除申告書のXMLファイルによる提出にも対応。 パソコン、スマートフォン、タブレット等インターネット接続されており、edge、chrome、Firefox、safari等のブラウザが使える端末から簡単に提出することが可能です。

今すぐ役立つ資料と導入事例

年末調整の効率化を検討する際に参考となる資料や、実際の導入事例をご紹介します。経験豊富な実務担当者の声をもとに作成した、すぐに活用できる資料です。

オフィスステーション年末調整

年末調整の書類回収やチェック、入力まですべての作業をクラウド化！
オフィスステーション 年末調整についての概要と特長をまとめた資料です。
ご自身用・社内共有用全てのシーンでご利用いただけます。

オフィスステーション導入事例集

オフィスステーションの導入事例をご紹介いたします。

• 問い合わせの手間も省略！年末調整業務の時間が約半分に！
• ペーパーレス化で、本社も店舗も書類処理がスピーディーに。
• 電子申請義務化が導入のきっかけ。低コストで、大量の作業負担を軽減。

2024年の年末調整 主要な変更点

2024年の年末調整では、物価高騰対策の一環として実施される「給与所得者の定額減税」が大きな変更点となっています。この制度変更は、多くの給与所得者に影響を与える重要な施策です。

2024年分の給与に係る所得税について、一律4万円の定額減税が実施されます。この減税は、給与収入額に関係なく一定額を減税する仕組みとなっており、年末調整の際に自動的に適用されます。

実務における対応のポイント

年末調整担当者は以下の点に注意が必要です。

• 給与計算システムの更新確認、源泉徴収税額の自動計算に定額減税が正しく反映されているか確認
• 従業員への周知 給与明細への表示方法や減税額の説明準備
• 年末調整時の確認事項 定額減税の年間合計額が正しく反映されているかの確認

注意点

• 年の途中で入社・退職した場合でも、4万円満額の減税が適用されます
• 給与収入がある従業員であれば、所得金額の多寡に関わらず一律4万円の減税となります
• 確定申告が必要な従業員に対しては、確定申告時に定額減税が適用されます

この定額減税により、給与計算および年末調整の実務において新たな対応が必要となりますが、多くの給与計算ソフトやクラウドサービスでは、システムアップデートによって自動的に対応される予定です。ただし、実務担当者は必ずシステムの更新状況を確認し、適切な運用を心がける必要があります。

また、この制度は2024年分の所得税についての臨時的な措置であるため、2025年以降の税制については別途確認が必要となります。

まとめ

年末調整の電子化・自動化は、もはや「選択肢の一つ」ではなく、「必須の取り組み」となりつつあります。人手不足が深刻化する中、業務効率化は企業の競争力維持に直結する重要な課題となっているからです。

単なる業務効率化だけでなく、従業員の利便性向上やコンプライアンス強化など、多角的な視点で効果を評価することも大切です。年末調整の電子化・自動化は、企業の働き方改革を推進する上での重要な一歩となるでしょう。

今後は、マイナンバーカードの普及やデジタル化の進展に伴い、さらなる効率化が期待されます。先進的なツールやサービスの導入を検討する際は、将来的な拡張性も視野に入れた選定を行うことをお勧めします。

「年末調整」関連ニュース
年末調整の定額減税を税理士が解説！源泉徴収票への記載方法も紹介
弥生、令和6年度「年末調整」に関する意識調査を実施
確定申告との違いを理解する　年末調整の役割とは？
やっぱり忙しい年末調整業務、増える残業に課題も山積
年末調整の還付金が多すぎる場合の管理部門の取り組み
退職者の年末調整：総務担当者のための完全ガイド
【2023年版】年末調整求人・雇用実態を徹底解説
年末調整で人事にとって最も負担の大きい業務内容は？電子化についても解説
年末調整業務でシステムを活用する際のポイント
年末調整業務をスピードアップ！驚きの効率化手法と最新ツール
年末調整システムの選び方ガイド
「年末調整」とは？正規・非正規問わず理解しておきたい内容・仕組みを解説
年末調整の準備はいつから？流れや期限を把握して早めの対応を！
今年こそ！？年末調整をペーパーレス化するための”コツ“を伝授！【ランスタWEEK 2022 Springハイライト vol.１】
「100年超の老舗企業数」「年末調整の準備」「女性が働く上で直面する問題」などの記事が人気　マネジーニュースランキング（10月24日～10月30日)
「住宅ローン控除」「年末調整還付金」「お年玉」などの記事が人気　マネジーニュースランキング(12月20日～12月26日)
【年末調整還付金】戻ってくる人来ない人
住宅ローン控除を簡素化する方針が定まる！会社員の年末調整は楽になる？
「周囲の評価」や「ふるさと納税」「年末調整」などの記事が人気　マネジーニュースランキング(12月6日～12月12日)
ペーパーレス化が進みつつある年末調整手続き

人事労務の業務効率化するホワイトペーパーを無料プレゼント

チェックしておきたい法令関連の情報やノウハウやヒントなど業務に役立つ情報をわかりやすくまとめた資料をご紹介します。
全て無料でダウンロード可能ですので、是非ご活用ください。