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経理担当者のための法人税務調査マニュアル｜連絡が来たときの動き方・流れ・必要書類と当日対応を税理士が解説

公開日2026/03/10 更新日2026/03/09 ブックマーク数
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経理担当者のための法人税務調査マニュアル｜連絡が来たときの動き方・流れ・必要書類と当日対応を税理士が解説

税務調査は、突然の連絡を契機に、企業の税務対応力が問われる重要な局面となります。

本記事では、調査の基本的な位置付けから通知直後の初動対応、当日の実務、平時の準備体制まで、経理担当者が押さえるべき実務ポイントに絞って解説します。

目次本記事の内容

  1. １．法人における税務調査とは？経理担当者がまず押さえる基本
  2. ２．税務調査はどのくらいの確率・頻度で来るのか
  3. ３．税務調査が入りやすい会社・入りにくい会社 ― 経理が押さえるべき「傾向」
  4. ４．税務調査で経理が「何を見られるか」を知る
  5. ５．税務調査の流れと、各段階で経理がやるべきこと
  6. ６．調査結果・追徴課税が出たときに経理が対応すべきこと
  7. ７．税務調査に備えて、経理が日頃から整えておくべき体制
  8. ８．まとめ

福留様
執筆者

執筆者

福留聡税理士事務所 代表
Amaterasu有限責任監査法人 統括代表社員
福留 聡

福留聡税理士事務所 代表
Amaterasu有限責任監査法人 統括代表社員
福留 聡

日本・米国ワシントン州の公認会計士・税理士資格を持つ専門家として、国内外の会計・税務に精通し、IFRS・USGAAP対応やIPO支援、M&A、国際税務サービスを提供しています。代表として新宿・広島を拠点に「福留聡国際会計アドバイザリー株式会社」「福留聡税理士事務所」を運営し、英語対応・オンライン対応も可能です。また、Amaterasu有限責任監査法人のパートナーも務め、会計監査・保証業務を通じて企業の財務報告と内部統制を支援しています。豊富な実務経験と出版実績も特徴です。

１．法人における税務調査とは？経理担当者がまず押さえる基本

税務調査は「何を・誰が・どのように」見に来るのかを理解しておくことで、過度に恐れず冷静に対応できます。
ここでは、法人税務調査の基本構造と経理が押さえるべき前提知識を整理します。

①税務調査の目的と対象税目を理解する

税務調査とは、国税庁や税務署が法人や個人の申告内容に誤りや不審な点がないかを確認し、適正な税負担を確保するとともに不正を防止するための手続きです。
調査の対象となる税目は法人税にとどまらず、消費税、源泉所得税、印紙税なども同時に確認されます。

税務調査には、大きく分けて以下の2種類が存在します。

任意調査

裁判所の令状なしに納税者の協力のもとで行われる一般的な調査であり、通常の企業が受ける調査のほとんどがこれに該当します。

「任意」とはいうものの、正当な理由なく調査を拒否したり虚偽の回答をしたりした場合は国税通則法による罰則の対象となるため、実質的には受忍義務があります。

強制調査

「マルサ」と呼ばれる国税局査察部が行うもので、悪質な脱税が疑われる場合に裁判所の令状をもって突然行われます。

②経理担当者の役割と税理士の役割

税務調査を円滑に進めるためには、「経営者・経理・税理士」の三者で役割を分担するイメージを持つことが重要です。

経営者の役割

調査初日のヒアリングに対応し、会社の沿革や取引の流れなどを説明して調査への協力姿勢を示す重要な役割を担います。

また、取引内容や経費の業務関連性について具体的な説明を求められる場面にも対応します。
ヒアリング後は通常業務に戻れますが、常に連絡が取れる体制を整えておく必要があります。

経理担当者の役割

帳簿や証憑（領収書や請求書など）の準備を行い、日々の取引内容の具体的な事実を調査官に説明し、社内関係部署との調整を担うハブとしての役割を果たします。

税理士の役割

税理士法第2条に基づく税務代理の権限を持ち、税法の専門知識をもとにした税務判断に関する解釈や税務署との交渉、調査官とのコミュニケーションを担う重要なパートナーです。

税理士が調査に立ち会うことで、経理担当者だけでは答えにくい専門的な質問にも適切に対応でき、調査をスムーズに進めることが可能になります。

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